Γεννήθηκε στην Αίγυπτο περί το 360 μ.Χ. από γονείς θεοφιλείς, και ήταν συγγενής των Πατριαρχών Αλεξανδρείας, Θεοφίλου (385 - 412 μ.Χ.) και Κυρίλλου Α' (412 - 444 μ.Χ.). Σε νεαρή ηλικία έλαβε μεγάλη και θαυμαστή θεολογική και φιλοσοφική γνώση. Στην αρχή εργάσθηκε ως διδάσκαλος και κατηχητής της εκκλησίας της Αλεξάνδρειας. Επιζητώντας όμως την ησυχία για να δύναται να ασχοληθεί με το έργο της ζωής του, τη μελέτη των Αγίων Γραφών, αποσύρθηκε σε κάποιο μοναστήρι στο όρος Πηλούσιο, γι' αυτό έλαβε και το όνομα Πηλουσιώτης. Αργότερα δέχεται την πρόταση να γίνει ιερέας και στη συνέχεια εκλέγεται πανηγυρικά ηγούμενος στο μοναστήρι του.

Λόγω της τεράστιας θεολογικής του κατάρτισης, απέκτησε μεγάλο κύρος και φήμη, ώστε να θεωρείται μοναδικός στις ερμηνείες περίπλοκων γραφικών χωρίων. Κατά την Γ΄ Οικουμενική Σύνοδο που συνήλθε στην Έφεσο το έτος 431 μ.Χ. επί αυτοκράτορος Θεοδοσίου Β΄ του Μικρού (408 - 450 μ.Χ.), ο Άγιος αναφαίνεται με μεγάλη υπόληψη και σπουδαίο κύρος στην Εκκλησία. Έλεγχε με παρρησία τους αμαρτάνοντες, φώτιζε τους πάντες με τον θείο του λόγο, νουθετούσε τους άρχοντες, υπεστήριζε τους κλονιζόμενους και ήταν η «μούσα της ημετέρας αυλής», όπως αποκαλούσε αυτόν ο ιερός Φώτιος. Συνέγραψε αρκετές πραγματείες, ως και πλήθος επιστολών, από τις οποίες σώζονται 2.012, με τις οποίες νουθετούσε, συμβούλευε και συγχρόνως εξηγούσε τις θείες και σωτήριες Γραφές. Εκοιμήθη ειρηνικά το 440 μ.Χ.

Ἐν σοί Πάτερ ἀκριβῶς διεσώθη τό κατ᾽ εἰκόνα· λαβών γάρ τόν σταυρόν, ἠκολούθησας τῷ Χριστῷ, καί πράττων ἐδίδασκες, ὑπερορᾷν μέν σαρκός, παρέρχεται γάρ· ἐπιμελεῖσθαι δέ ψυχῆς, πράγματος ἀθανάτoυ· διό καί μετά Ἀγγέλων συναγάλλεται, Ὅσιε Ἰσίδωρε τό πνεῦμά σου.